Opération très simple :

• Installer le logiciel avconv (présent dans les dépôts, paquet 'libav-tools')
• Ouvrir un terminal
• Utiliser la commande :

avconv -i fichier_a_pivoter.mp4 -vf transpose=0 fichier_final.mp4

Les valeurs de transpose sont :

• 0 Rotate by 90 degrees counterclockwise and vertically flip
• 1 Rotate by 90 degrees clockwise
• 2 Rotate by 90 degrees counterclockwise
• 3 Rotate by 90 degrees clockwise and vertically flip

A la place de transpose, vous pouvez aussi utiliser vflip et hflip : Plus d'informations