Assurez-vous que tous les droits sont correctement établis (voir documentation officielle).
Pour recréer le fichier _dokuwiki.changes, placez-vous dans le root de votre wiki et exécutez dans le terminal :
find data/meta -name '*.changes' ! -name '_media.changes' -print0 | xargs -0 cat | sort -u > data/meta/_dokuwiki.changes
Plus d'infos dans la documentation officielle.